CRAN Package Check Results for Package deepregression

Last updated on 2025-09-02 09:50:23 CEST.

Flavor Version Tinstall Tcheck Ttotal Status Flags
r-devel-linux-x86_64-debian-clang 2.3.0 23.89 168.85 192.74 OK
r-devel-linux-x86_64-debian-gcc 2.3.1 15.98 528.40 544.38 ERROR
r-devel-linux-x86_64-fedora-clang 2.3.1 267.43 OK
r-devel-linux-x86_64-fedora-gcc 2.3.1 297.96 OK
r-devel-windows-x86_64 2.3.0 25.00 238.00 263.00 OK
r-patched-linux-x86_64 2.3.0 22.37 157.96 180.33 OK
r-release-linux-x86_64 2.3.0 20.57 159.38 179.95 OK
r-release-macos-arm64 2.3.0 58.00 OK
r-release-macos-x86_64 2.3.1 164.00 OK
r-release-windows-x86_64 2.3.0 24.00 245.00 269.00 OK
r-oldrel-macos-arm64 2.3.0 64.00 OK
r-oldrel-macos-x86_64 2.3.1 150.00 OK
r-oldrel-windows-x86_64 2.3.0 33.00 251.00 284.00 OK

Check Details

Version: 2.3.1
Check: tests
Result: ERROR Running ‘testthat.R’ [411s/502s] Running the tests in ‘tests/testthat.R’ failed. Complete output: > library(testthat) > library(deepregression) Loading required package: tensorflow Loading required package: tfprobability Loading required package: keras The keras package is deprecated. Use the keras3 package instead. > > if (reticulate::py_module_available("tensorflow") & + reticulate::py_module_available("keras") & + .Platform$OS.type != "windows"){ + test_check("deepregression") + } Downloading tensorflow (615.0MiB) Downloading tf-keras (1.6MiB) Downloading pygments (1.2MiB) Downloading keras (1.3MiB) Downloading ml-dtypes (4.7MiB) Downloading tensorboard (5.2MiB) Downloading tensorflow-probability (6.7MiB) Downloading ml-dtypes Downloading pygments Downloading tensorboard Downloading keras Downloading tf-keras Downloading tensorflow-probability Downloading tensorflow Installed 44 packages in 485ms 2025-09-01 15:25:40.317370: I tensorflow/core/util/port.cc:153] oneDNN custom operations are on. You may see slightly different numerical results due to floating-point round-off errors from different computation orders. To turn them off, set the environment variable `TF_ENABLE_ONEDNN_OPTS=0`. 2025-09-01 15:25:40.319291: I external/local_xla/xla/tsl/cuda/cudart_stub.cc:32] Could not find cuda drivers on your machine, GPU will not be used. 2025-09-01 15:25:40.326616: I external/local_xla/xla/tsl/cuda/cudart_stub.cc:32] Could not find cuda drivers on your machine, GPU will not be used. 2025-09-01 15:25:40.341294: E external/local_xla/xla/stream_executor/cuda/cuda_fft.cc:467] Unable to register cuFFT factory: Attempting to register factory for plugin cuFFT when one has already been registered WARNING: All log messages before absl::InitializeLog() is called are written to STDERR E0000 00:00:1756733140.364826 2514734 cuda_dnn.cc:8579] Unable to register cuDNN factory: Attempting to register factory for plugin cuDNN when one has already been registered E0000 00:00:1756733140.372160 2514734 cuda_blas.cc:1407] Unable to register cuBLAS factory: Attempting to register factory for plugin cuBLAS when one has already been registered W0000 00:00:1756733140.394396 2514734 computation_placer.cc:177] computation placer already registered. Please check linkage and avoid linking the same target more than once. W0000 00:00:1756733140.394465 2514734 computation_placer.cc:177] computation placer already registered. Please check linkage and avoid linking the same target more than once. W0000 00:00:1756733140.394469 2514734 computation_placer.cc:177] computation placer already registered. Please check linkage and avoid linking the same target more than once. W0000 00:00:1756733140.394473 2514734 computation_placer.cc:177] computation placer already registered. Please check linkage and avoid linking the same target more than once. 2025-09-01 15:25:40.400398: I tensorflow/core/platform/cpu_feature_guard.cc:210] This TensorFlow binary is optimized to use available CPU instructions in performance-critical operations. To enable the following instructions: AVX2 AVX512F AVX512_VNNI AVX512_BF16 FMA, in other operations, rebuild TensorFlow with the appropriate compiler flags. Downloading data from https://storage.googleapis.com/tensorflow/tf-keras-datasets/mnist.npz 8192/11490434 [..............................] - ETA: 0s<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08> 16384/11490434 [..............................] - ETA: 40s<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08> 49152/11490434 [..............................] - ETA: 37s<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08> 81920/11490434 [..............................] - 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1s 0us/step 2025-09-01 15:25:57.868701: E external/local_xla/xla/stream_executor/cuda/cuda_platform.cc:51] failed call to cuInit: INTERNAL: CUDA error: Failed call to cuInit: UNKNOWN ERROR (303) Epoch 1/2 1/15 [=>............................] - ETA: 23s - loss: 2.2766<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08> 10/15 [===================>..........] - ETA: 0s - loss: 2.2310 <08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08> 15/15 [==============================] - 2s 34ms/step - loss: 2.2108 - val_loss: 2.0981 Epoch 2/2 1/15 [=>............................] - ETA: 0s - loss: 2.1112<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08> 8/15 [===============>..............] - 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ETA: 0s - loss: 29.7491<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08> 31/32 [============================>.] - ETA: 0s - loss: 32.0094<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08> 32/32 [==============================] - 0s 4ms/step - loss: 32.1088 Done in 1.964339 secs Epoch 1/2 1/3 [=========>....................] - ETA: 2s - loss: 2.3341<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08> 3/3 [==============================] - 2s 132ms/step - loss: 2.3038 - val_loss: 2.2154 Epoch 2/2 1/3 [=========>....................] - ETA: 0s - loss: 2.3662<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08> 3/3 [==============================] - 0s 41ms/step - loss: 2.3004 - val_loss: 2.2128 Epoch 1/2 1/3 [=========>....................] - ETA: 0s - loss: 52.8941<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08> 3/3 [==============================] - 0s 125ms/step - loss: 47.0024 - val_loss: 27.1291 Epoch 2/2 1/3 [=========>....................] - ETA: 0s - loss: 49.6579<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08> 3/3 [==============================] - 0s 34ms/step - loss: 46.6172 - val_loss: 26.8568 Fitting member 1 ... Done in 4.894876 secs Fitting member 2 ... Done in 5.419502 secs Fitting member 3 ... Done in 5.162418 secs Fitting normal Fitting bernoulli Fitting bernoulli_prob WARNING:tensorflow:5 out of the last 13 calls to <function Model.make_test_function.<locals>.test_function at 0x7fdfa0a4a2a0> triggered tf.function retracing. Tracing is expensive and the excessive number of tracings could be due to (1) creating @tf.function repeatedly in a loop, (2) passing tensors with different shapes, (3) passing Python objects instead of tensors. For (1), please define your @tf.function outside of the loop. For (2), @tf.function has reduce_retracing=True option that can avoid unnecessary retracing. For (3), please refer to https://www.tensorflow.org/guide/function#controlling_retracing and https://www.tensorflow.org/api_docs/python/tf/function for more details. Fitting beta WARNING:tensorflow:5 out of the last 11 calls to <function Model.make_test_function.<locals>.test_function at 0x7fdfa071bec0> triggered tf.function retracing. Tracing is expensive and the excessive number of tracings could be due to (1) creating @tf.function repeatedly in a loop, (2) passing tensors with different shapes, (3) passing Python objects instead of tensors. For (1), please define your @tf.function outside of the loop. For (2), @tf.function has reduce_retracing=True option that can avoid unnecessary retracing. For (3), please refer to https://www.tensorflow.org/guide/function#controlling_retracing and https://www.tensorflow.org/api_docs/python/tf/function for more details. Fitting betar Fitting chi2 Fitting chi Fitting exponential Fitting gamma Fitting gammar Fitting gumbel Fitting half_normal Fitting horseshoe Fitting inverse_gaussian Fitting laplace Fitting log_normal Fitting logistic Fitting negbinom Fitting negbinom Fitting pareto_ls Fitting poisson Fitting poisson_lograte Fitting normal Fitting bernoulli Fitting bernoulli_prob Fitting gamma Fitting poisson Epoch 1/2 1/29 [>.............................] - ETA: 18s - loss: 11.2004<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08> 11/29 [==========>...................] - ETA: 0s - loss: 10.4834 <08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08> 18/29 [=================>............] - ETA: 0s - loss: 11.2934<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08> 29/29 [==============================] - ETA: 0s - loss: 10.6607<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08> 29/29 [==============================] - 1s 22ms/step - loss: 10.6607 - val_loss: 7.6350 Epoch 2/2 1/29 [>.............................] - ETA: 0s - loss: 7.1379<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08> 11/29 [==========>...................] - ETA: 0s - loss: 9.9453<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08> 19/29 [==================>...........] - ETA: 0s - loss: 9.8964<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08> 28/29 [===========================>..] - ETA: 0s - loss: 9.5347<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08> 29/29 [==============================] - 0s 9ms/step - loss: 9.5296 - val_loss: 6.8647 Fitting model with 1 orthogonalization(s) ... Fitting model with 2 orthogonalization(s) ... Fitting model with 3 orthogonalization(s) ... Fitting model with 4 orthogonalization(s) ... Fitting model with 5 orthogonalization(s) ... Fitting Fold 1 ... Done in 1.375317 secs Fitting Fold 2 ... Done in 0.4081504 secs Epoch 1/2 1/2 [==============>...............] - ETA: 0s - loss: 22.0463<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08> 2/2 [==============================] - 0s 18ms/step - loss: 22.4672 Epoch 2/2 1/2 [==============>...............] - ETA: 0s - loss: 21.8272<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08> 2/2 [==============================] - 0s 15ms/step - loss: 20.5671 Fitting Fold 1 ... Done in 1.747206 secs Fitting Fold 2 ... Done in 0.5269568 secs Epoch 1/2 1/2 [==============>...............] - ETA: 0s - loss: 22.0463<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08> 2/2 [==============================] - 0s 17ms/step - loss: 22.4672 Epoch 2/2 1/2 [==============>...............] - ETA: 0s - loss: 21.8272<08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08><08> 2/2 [==============================] - 0s 22ms/step - loss: 20.5671 [ FAIL 4 | WARN 0 | SKIP 0 | PASS 748 ] ══ Failed tests ════════════════════════════════════════════════════════════════ ── Error ('test_node.R:26:3'): node regression ───────────────────────────────── <python.builtin.SyntaxError/python.builtin.Exception/python.builtin.BaseException/python.builtin.object/error/condition> Error in `py_module_import(module, convert = convert)`: File "/home/hornik/tmp/R.check/r-devel-gcc/Work/build/Packages/deepregression/python/utils/types.py", line 43 Number = Union[ SyntaxError: expected 'except' or 'finally' block Run `reticulate::py_last_error()` for details. Backtrace: ▆ 1. └─deepregression::deepregression(...) at test_node.R:26:3 2. └─base::lapply(...) 3. └─deepregression (local) FUN(X[[i]], ...) 4. └─subnetwork_builder[[i]](...) 5. └─base::lapply(1:length(pp_in), function(i) pp_lay[[layer_matching[i]]]$layer(inputs[[i]])) 6. └─deepregression (local) FUN(X[[i]], ...) 7. └─pp_lay[[layer_matching[i]]]$layer(inputs[[i]]) 8. ├─base::do.call(layer_class, layer_args) 9. └─deepregression (local) `<fn>`(...) 10. └─reticulate::import_from_path("node", path = python_path) 11. └─reticulate:::import_from_path_immediate(module, path, convert) 12. └─reticulate::import(module, convert = convert) 13. └─reticulate:::py_module_import(module, convert = convert) ── Error ('test_node.R:104:3'): node bernoulli ───────────────────────────────── <python.builtin.SyntaxError/python.builtin.Exception/python.builtin.BaseException/python.builtin.object/error/condition> Error in `py_module_import(module, convert = convert)`: File "/home/hornik/tmp/R.check/r-devel-gcc/Work/build/Packages/deepregression/python/utils/types.py", line 43 Number = Union[ SyntaxError: expected 'except' or 'finally' block Run `reticulate::py_last_error()` for details. Backtrace: ▆ 1. └─deepregression::deepregression(...) at test_node.R:104:3 2. └─base::lapply(...) 3. └─deepregression (local) FUN(X[[i]], ...) 4. └─subnetwork_builder[[i]](...) 5. └─base::lapply(1:length(pp_in), function(i) pp_lay[[layer_matching[i]]]$layer(inputs[[i]])) 6. └─deepregression (local) FUN(X[[i]], ...) 7. └─pp_lay[[layer_matching[i]]]$layer(inputs[[i]]) 8. ├─base::do.call(layer_class, layer_args) 9. └─deepregression (local) `<fn>`(...) 10. └─reticulate::import_from_path("node", path = python_path) 11. └─reticulate:::import_from_path_immediate(module, path, convert) 12. └─reticulate::import(module, convert = convert) 13. └─reticulate:::py_module_import(module, convert = convert) ── Error ('test_node.R:190:3'): node multinoulli ─────────────────────────────── <python.builtin.SyntaxError/python.builtin.Exception/python.builtin.BaseException/python.builtin.object/error/condition> Error in `py_module_import(module, convert = convert)`: File "/home/hornik/tmp/R.check/r-devel-gcc/Work/build/Packages/deepregression/python/utils/types.py", line 43 Number = Union[ SyntaxError: expected 'except' or 'finally' block Run `reticulate::py_last_error()` for details. Backtrace: ▆ 1. └─deepregression::deepregression(...) at test_node.R:190:3 2. └─base::lapply(...) 3. └─deepregression (local) FUN(X[[i]], ...) 4. └─subnetwork_builder[[i]](...) 5. └─base::lapply(1:length(pp_in), function(i) pp_lay[[layer_matching[i]]]$layer(inputs[[i]])) 6. └─deepregression (local) FUN(X[[i]], ...) 7. └─pp_lay[[layer_matching[i]]]$layer(inputs[[i]]) 8. ├─base::do.call(layer_class, layer_args) 9. └─deepregression (local) `<fn>`(...) 10. └─reticulate::import_from_path("node", path = python_path) 11. └─reticulate:::import_from_path_immediate(module, path, convert) 12. └─reticulate::import(module, convert = convert) 13. └─reticulate:::py_module_import(module, convert = convert) ── Error ('test_node.R:276:3'): node overlap ─────────────────────────────────── <python.builtin.SyntaxError/python.builtin.Exception/python.builtin.BaseException/python.builtin.object/error/condition> Error in `py_module_import(module, convert = convert)`: File "/home/hornik/tmp/R.check/r-devel-gcc/Work/build/Packages/deepregression/python/utils/types.py", line 43 Number = Union[ SyntaxError: expected 'except' or 'finally' block Run `reticulate::py_last_error()` for details. Backtrace: ▆ 1. ├─testthat::expect_warning(...) at test_node.R:276:3 2. │ └─testthat:::quasi_capture(...) 3. │ ├─testthat (local) .capture(...) 4. │ │ └─base::withCallingHandlers(...) 5. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo)) 6. └─deepregression::deepregression(...) 7. └─base::lapply(...) 8. └─deepregression (local) FUN(X[[i]], ...) 9. └─subnetwork_builder[[i]](...) 10. └─base::lapply(1:length(pp_in), function(i) pp_lay[[layer_matching[i]]]$layer(inputs[[i]])) 11. └─deepregression (local) FUN(X[[i]], ...) 12. └─pp_lay[[layer_matching[i]]]$layer(inputs[[i]]) 13. ├─base::do.call(layer_class, layer_args) 14. └─deepregression (local) `<fn>`(...) 15. └─reticulate::import_from_path("node", path = python_path) 16. └─reticulate:::import_from_path_immediate(module, path, convert) 17. └─reticulate::import(module, convert = convert) 18. └─reticulate:::py_module_import(module, convert = convert) [ FAIL 4 | WARN 0 | SKIP 0 | PASS 748 ] Error: Test failures Execution halted Flavor: r-devel-linux-x86_64-debian-gcc